بخش مدیریت طرح شرکت مهندسین مشاور زیستاب دارای گواهی مدیریت طرح پایه ۱ سدسازی و پایه ۱ شبکه های آبیاری و زهکشی است. مشاور مدیریت طرح با بکارگیری روش های نوین مدیریت طرح های بزرگ سعی می نماید تا اولاً هماهنگی و یکپارچگی بیشتری میان مراحل طراحی، تأمین و ساخت برقرار گردیده و ثانیاً وظایف مدیریتی از وظایف فنی این مراحل مستقل گردد. طرح های شاخص این بخش نیز شامل خدمات مدیریت طرح در طرح جامع شبکه های فرعی آبیاری و زهکشی رودخانه های استان ایلام، مدیریت طرح توسعه شبکه های فرعی آبیاری و زهکشی حوضه کارون، دز و کرخه در استان های خوزستان و ایلام و همچنین خدمات مدیریت طرح پروژه های اجرایی شرکت آب منطقه ای استان زنجان است.